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Nació en Marcq-et-Chevriéres (Ardennes), el 26 de abril de 1774. Hijo de un militar destinado en la guarnición del castillo de Sedán, el Mayor Ponce Savary y de Victoire Loth Dussaussoy. Estudió en el colegio St. Louis de Metz, y sentó plaza en 1790 como Cadete en el regimiento Real Normandía y fue nombrado subteniente en septiembre de 1791. Su regimiento salió en 1792 a la campaña del Rhin, siendo Savary nombrado Ayudante de campo del general Pietro María Bartolomeo Ferino, luchando el 26 de agosto de 1793 en el duro combate del bosque de Béval, manteniendo las líneas a pesar de los esfuerzos de los soldados prusianos, pasó luego sucesivamente a las ordenes de los generales Custine, Pichegru y Moreau. El Directorio le felicitó por sus méritos en el combate del 9 de julio de 1808 en Friedberg, contra los austriacos del general Kleber. En 1797 fue nombrado jefe de Escuadrón y formó parte de la expedición a Egipto, pasando en 1798 como Ayudante de campo del general Desaix. Fue él quien hubo de llevar a Bonaparte la noticia de la muerte de su jefe en Marengo (14 de junio 1800). Napoleón a continuación le nombra su Ayudante de campo, y poco a poco Bonaparte le toma gran afecto y aprecia principalmente en él, la cuestión que más echaba en falta entre sus generales, su obediencia ciega. Promovido a puestos cada día de mayor confianza, le designa como coronel encargado de organizar la gendarmería de élite que guardará al Primer cónsul, al tiempo que se encarga de las investigaciones en los asuntos más delicados. Vueltos a la metrópoli, en 1802 lleva a cabo la detención del duque de Enghien y proseguirá realizando su silencioso trabajo en particular en el Oeste, donde logró descubrir la conspiración de Georges Cadoudal y los generales Pichegru y Moreau, donde Savary demostró sus grandes dotes. Llevará a cabo la ejecución sumaria del duque de Enghien, y después la de Cadoudal.
El 27 de febrero de 1802, había contraído matrimonio con Marie Charlotte Felicité de Faudoas Barbasan, con la que tuvo siete hijos.
Sus actividades de policía le valieron el grado de general de brigada en 1803. en 1804, realiza estrictamente los órdenes de Napoleón y hace tirar al duque de Enghien, lo que él vale de volver general de división. Ayudante de campo del Emperador durante las campañas de 1805 a 1807, ascendió a general de división en febrero de 1805, lucha el 2 de diciembre en la batalla de Austerlitz, y Napoleón le envía con un mensaje muy reservado para el Zar Alexander I, que posibilitó las dudas de los rusos y la gran victoria francesa. Durante la campaña de 1806, participa en la batalla de Jena, y en 1807 en la de Eylau contra los rusos, al mando del 5º Cuerpo de Ejército, cubriéndose especialmente de gloria el 16 de febrero en la batalla de Ostrolenka. Seguirán las batallas de Tilsit el 7 de julio, y las de Heilsberg y Friedland. Después de haberse firmada la paz de Tilsit realizará una embajada a San Petersburgo, hasta que llegó para sustituirle el general Caulaincourt.
En mayo de 1808 por sus méritos Napoleón le premia con el ducado de Rovigo.
Ante la necesidad de engullir España, Bonaparte tuvo la buena ocurrencia de enviar a su más sutil general para que tratase de engañar a la “facilona” familia Real de España y de hacerla venir en Bayona. Entre marzo y abril de 1808, Savary halaga lo suficiente a aquella pobre monarquía. Logrado su objetivo, con Fernando VII y sus padres en Bayona, Savary puede dar por finalizada su función en España, pues para las cuestiones de la guerra ya está en Madrid desde el día 15 de junio el general Murat, el 15 de junio. Del 27 de septiembre al 14 octubre, Savary acompañará a Napoleón al congreso de Erfurt en su visita al Zar Alexander I.
Tras la caída de Fouché, Napoleón le confía el Ministerio de Policía el 3 de junio de 1810. Su nombramiento extendió el pánico y la consternación en toda Francia, pues se aproximaba una verdadera época inquisitorial, tal como alguno dejó escrito en sus Memorias: "Si el Emperador hubiese elegido al embajador de Persia, eso no habría dado más miedo... Savary es meticuloso y desconfiado, ha puesto una cubierta de plomo sobre la capital, aunque es incapaz de prever y frenar la conspiración de Malet." El 23 de octubre de 1812, fue sorprendido en su cama algunos de aquellos conspiradores y retenido durante unas hora por aquellos conjurados, que lo ridiculizaron, y luego lo liberaron sin más. En prueba de la confianza que seguía teniéndole el Emperador, en enero de 1814 lo nombra miembro del Consejo de Regencia.
Cuando el 11 de abril de 1814 Napoleón abdica, Savary quiere seguirle en su destino, pero Bonaparte le dice que mejor está en París esperándole, cosa que aquel hace, quedando al lado de la emperatriz María Luisa en Blois, así cuando en 1815 retorna Napoleón desde la isla de Elba, Savary es también de los primeros que salen a recibirle, nombrándole Bonaparte, Inspector general de la Gendarmería, aunque solamente podría serlo durante los Cien Días.
Tras la batalla de Waterloo, Napoleón sale hacia su exilio en la isla de Santa Elena, Savary acompaña al Emperador hasta Rochefort, y de allí a Plymouth a bordo del H. M. S “Bellerophon”, aunque no se le permitiría acompañarlo hasta Santa Elena, y los británicos aprovechan para retenerlo y enviarlo desterrado a la isla de Malta. Savary no es hombre que se amilane, y logra escapar en abril de 1816 con rumbo a Smirna, donde pasa algún tiempo hasta que pasa a Austria y Trieste con la finalidad de defenderse de la causa a que se le sometió en París el 25 de diciembre de 1816, donde es juzgado y condenado a muerte a causa de haber participado en la muerte del duque de Elghien. En 1817 se le permite volver a Francia, llegando a París en junio de 1818. En 1819 se entrega voluntariamente a la Policía y se restablece en sus derechos cívicos y dignidades, aunque no se le incorpora al Ejército. En 1823 pasa a residir en Roma, y el 1 de diciembre de 1831, Luis VIII le nombra Alto Comisionado en Argelia, obteniendo la victoria de Bona y ocupándose con buenos resultados también de asuntos de índole de régimen interior de aquella región norteafricana, aunque por la brusquedad y dureza con que en su cargo procedía, se vio obligado a abandonar el cargo en 1833.
De nuevo en París, fallece en esta ciudad, en su casa de la calle Marignon, número 16, el 2 de junio de 1833, y fue inhumado en el cementerio del Padre Lachaise.
Su nombre esta inscrito en el Arco del Triunfo parisino.